Die Aare war im frühen Mittelalter die Grenze zweier Reiche, Burgund und Alemannien. Mit der 1191 gegründeten Stadt Bern war unser Gebiet lange Zeit nur durch eine Fähre verbunden. Später, als die Stadt mächtig wurde, entschloss man sich zum Bau einer Brücke. Das prächtige Holzbauwerk aus dem Jahre 1469 ist noch heute vorhanden: die Neubrücke, in der untersten Ecke der Gemeinde liegend, mehrmals renoviert. Sie hatte für Bern grosse wirtschaftliche und militärische Bedeutung, führten doch zwei wichtige Strassen darüber, eine ins Seeland (über Meikirch), die andere ins Fraubrunnenamt (über Oberlindach-Münchenbuchsee). Diese beiden Wege, die sich in Burrishaus gabeln, sind zum Teil noch erhalten. Als der motorisierte Verkehr aufkam und die alte Holzbrücke nicht mehr genügte, wurde die Halenbrücke erstellt (1911-1913). Sie galt in ihrer Zeit als eine technische Pionierleistung, sie wurde als eine der ersten Brücken in der Schweiz aus armiertem Beton errichtet. Sie verbindet heute das Gemeindegebiet mit der Stadt und mit der Autobahn.
Der Name Kirchlindach taucht urkundlich als Lindenacho zum ersten Mal im Jahr 1185 auf. In einer so genannten Schirm- und Bestätigungsbulle vom 2. Oktober 1185 bestätigt Papst Lucius III der Abtei St. Johannsen zu Erlach ihre Rechte und Besitze in unserer Gegend.
In ihren heutigen Grenzen entstand die politische Gemeinde Kirchlindach erst im Jahre 1880 durch Verschmelzung mit der Gemeinde Bremgarten-Stadtgericht. Letztere bestand nur aus Enklaven, aus Teilen von Herrenschwanden, Niederlindach und Oberlindach und zählte bloss 284 Einwohner. Die komplizierten Grenzverhältnisse zwischen den beiden selbständigen Gemeinden führten zu Streitigkeiten, ja sogar zu Prozessen; eine Marchbereinigung scheiterte am Widerstand der privaten Eigentümer. In dieser Situation stimmten die einzelnen Gemeindeversammlungen einem Zusammenschluss zu und der Grosse Rat des Kantons Bern erteilte die staatliche Genehmigung.
„Lindach“ hat übrigens nicht mit einer Linde zu tun, wie man dies aus dem Gemeindewappen – drei Lindenblätter und ein roter Balken auf silbernem Grund – schliessen könnte. Dieses Wappen ist eine Anlehnung an das im Spätmittelalter in Bern bezeugte Familienwappen der Hetzel von Lindach; in der heutigen Form wurde das Wappen in Kirchlindach schon um 1780 verwendet (Wappenbuch des Kantons Bern 1981).
Der Ortsname „Lindach“ ist entstanden aus dem galloromanischen Lentiniacum. In diesem Namen steckt der lateinische Personenname Lentinius, daran angehängt das Possesivsuffix –acum = zugehörig. Lindach bedeutet demnach: das dem Lentinius gehörende Gut. Wo dieser römische Gutshof stand, ist nicht mehr auszumachen. Auf römische Siedlungen lassen ebenfalls die Flurnamen „Färich“ (lat. parricus) und „Muri“ schliessen. Dagegen weisen „Jetzikofen“ (Höfe des Jatzo), „Heimenhaus“ (Haus des Heimo) und „Herrenschwanden“ (Schwand = alemannischer Rodungsname) auf alemannischen Ursprung hin.
Am 31. Dezember 2019 zählte die Gemeinde 3'198 Einwohner. Ein Rückblick über die Entwicklung zeigt, dass sich diese von 1880 – 1950 mit etwa 1100 Einwohnern konstant hielt. Dann begann allmähliches Wachstum. Städtische und ländliche Siedlungsformen vermischten sich. Eine junge Berner Architektengruppe baute Ende der Fünfzigerjahre in einer Waldlichtung oberhalb der Halenbrücke die Halensiedlung. Sie gilt als ein Denkmal des modernen Siedlungsbaus und wird von Fachleuten aus aller Welt besucht.